小米浏览器应用间自动跳转协议的底层权限拦截设置可以通过以下步骤进行：
1. 打开小米浏览器，点击右下角的“我的”按钮，进入个人中心。
2. 在个人中心页面，点击右上角的“设置”按钮，进入设置页面。
3. 在设置页面，找到“隐私与安全”选项，点击进入。
4. 在隐私与安全页面，找到“应用间自动跳转协议”选项，点击进入。
5. 在应用间自动跳转协议设置页面，可以看到当前已启用的自动跳转协议列表。如果需要添加新的自动跳转协议，可以点击“添加”按钮，输入协议名称和描述信息。
6. 添加完新的自动跳转协议后，点击“保存”按钮，即可完成设置。
7. 返回到设置页面，再次点击“应用间自动跳转协议”选项，可以看到已添加的自动跳转协议列表。如果需要删除某个自动跳转协议，可以点击对应的协议名称，然后点击“删除”按钮。
8. 完成所有设置后，点击“确定”按钮，即可生效。